随着全球化进程的加速，犯罪特别是有组织犯罪日趋国际化，而且呈现新的特点，如有组织恐怖活动犯罪、网络有组织犯罪等等。针对这些新的动向，国际社会正不断努力探索有效的惩治方案，日本基于此新动向也开始改革相关立法。
一是加大对有组织恐怖主义犯罪的打击力度。
联合国大会法律委员会的特别委员会于1999年通过了《制止为恐怖活动筹措资金国际公约》，根据该公约的规定，故意为恐怖活动提供或募集资金的行为被犯罪化。日本于2002年6月11日加入该公约，并于同年制定了《恐怖资金供与处罚法》，分别在第二条、第三条规定为以威胁公众安全为目的的犯罪行为提供或募集资金者处以10年以下徒刑及1000万日元以下罚金。为了打击恐怖活动犯罪的下游犯罪———洗钱犯罪，反洗钱金融行动特别工作组(简称fatf)，这个国际社会专门致力于控制洗钱的国际组织于1999年制定了《对金融反恐的特别建议》。该建议与《反洗钱40条建议》一起成为金融反恐的国际标准，其规定建议各国应没收恐怖资产，将与恐怖融资相关的洗钱行为犯罪化，规定涉嫌恐怖活动可疑交易的报告义务。基于此，日本政府重新修改《有关有组织犯罪的处罚及犯罪收益的规制等的法律》(以下简称《有组织犯罪处罚法》)，在洗钱罪的前提犯罪中增加了恐怖资金提供罪和募集罪，同时，于2003年制定《金融机关客户身份确认法》，对涉嫌恐怖活动犯罪可疑交易报告义务进行了补充。2004年12月，日本国际有组织犯罪及国际恐怖主义对策总部制定《恐怖主义之预防相关的行动计划》，规定为加强对恐怖融资的预防，将全面实施fatf制定的《对金融反恐的特别建议》。而且，日本于2007年4月1日部分实施的《犯罪收益转移防止法》，进一步确认可疑交易报告义务的对象范围扩大至包括恐怖融资嫌疑的可疑交易。
二是进一步完善洗钱犯罪立法，强化对有组织犯罪收益的打击。
犯罪组织往往是为了追求经济利益而实施犯罪的，而获得的非法收益往往又成为重新犯罪的资本，因此对作为有组织犯罪源泉和重要诱因的犯罪收益进行有效的惩治是打击有组织犯罪的重要手段。为了安全使用犯罪所得及其收益，犯罪组织往往通过一系列的洗钱活动将非法收益转变为合法财产，以隐瞒、掩饰其来源和性质。特别是随着国际金融一体化趋势的加强，跨境支付结算日益便捷，也为犯罪分子快速转移资金提供了方便。1991年制定的《毒品特例法》是日本首次立法明确界定和禁止洗钱活动，即洗钱行为的犯罪化最初来源于毒品犯罪的黑钱运转。基于该法在打击毒品犯罪上取得的良好效果，1999年制定的《有组织犯罪处罚法》扩大了洗钱犯罪的对象范围，由毒品犯罪扩大到一般重大犯罪。
与此同时，为了能及时获取线索，调查犯罪收益的来源和去向，切断犯罪分子清洗黑钱的渠道，日本逐步建立了完善的可疑交易报告制度。日本内阁会议于2008年3月1日起全面实施了《犯罪收益转移防止法》，进一步完善洗钱犯罪中义务主体的可疑交易报告制度。日本还出台了《新<反洗钱40条建议>》为应对近年来出现的洗钱行为巧妙化的新情况，建议各国将律师、注册会计师等专门法律职业者甚至贵金属商、宝石商等纳入负有可疑交易报告义务的人员范围，即“看门人规则”。问题在于，律师若负有可疑交易的报告义务则违反了其对委托人负有的保密义务，所以对这一制度目前争议很大，正因为如此，《新<反洗钱40条建议>》中也规定了限制性条款，即律师、公证人、会计师等法律专业职业人员对于相关情报，若是处于应遵守守密义务或秘匿特权的情况下获取的，则不负可疑交易报告义务。而且，律师对以下情况中从客户或通过客户获得的情报也可解释为遵守律师的守密义务或秘匿特权而不负报告义务:(1)处于确认客户的法律地位的过程中;(2)处于司法、行政、仲裁、调停等程序中或与之相关的对委托人的辩护或代理行为过程中。因此，日本对律师是否负有可疑交易报告义务也是非常谨慎的，尽管在立法阶段普遍估计会将律师规定为可疑交易报告义务的主体，但《犯罪收益转移防止法》第8条第1项只规定“有关律师的客户身份确认记录及交易记录的制作与保存的措施以日本律师联合会会则规定为准”。所以在该法中，律师、会计师等专业人士并没有规定上报可疑交易的义务，但在从事房屋、土地买卖手续，公司合并，处理现金、有价证券等特定业务时有必要确认顾客的真实身份。各种金融机构、房地产、珠宝商、律师等特定从业者在从事特定的交易时，要确认顾客身份，记录交易情况。从业者要将交易记录保存7年。对违反规定的从业者，相关政府主管部门可以责令改正，若仍不遵循可以处2年以下监禁或300万日元的罚款。
三是增加对犯罪被害财产的保护。
日本1999年《有组织犯罪处罚法》禁止对犯罪被害财产的没收和禁止，初衷是为了保护被害人的合法权益———犯罪被害财产一旦为国家没收或追征即归属国库，被害者就无法再主张被害财产的恢复，但这一制度在适用过程中往往事与愿违，被害财产往往被犯罪组织所隐匿，被害人通过民事请求权追回财产，往往难于收集证据，且需花费昂贵的诉讼费用;另一方面，又担心犯罪组织的报复，因此往往不敢主动行使权利。
2006年日本通过《关于修正部分有关有组织犯罪的处罚及犯罪收益的规制等的法律》，增设了第13条第3款和第18条第2款，原则上解除了对犯罪被害财产进行没收和追征的禁止。在第13条第3款中将被害人难于向罪犯行使损害赔偿请求权的情况进行分类列举，只要属于其中一种情况，国家即可对被害财产进行没收和追征，第18条第2款规定，这些被没收和追征的被害财产将不被编入当年的国家所得，而是充当被害者之被害恢复。而且，同年日本又制定了《被害回复给付金支付法》，规定被没收、追征的犯罪被害财产可由检察官依据被害额度比例，向被害人返还。
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